Sono passati dieci anni dalle imprese delle leggendaria Inazuma Japan. Questa è la storia della nuova Inazuma Eleven, guidata da Arion Sherwind. A causa dalle modifiche al corso della storia apportata dalla Protocollo Omega, nemici venuti dal futuro, il calcio è stato vietato dal governo e rischia di sparire per sempre. Insieme a Fei, anche lui venuta dal futuro, la squadra della Raimon intraprende una lotta per ripristinare la linea temporale e difendere il calcia. Tuttavia, Arion e i suoi compagni non possono nulla di frante alla forza di Beta e l'allenatore Mark Evans viene sigillato in una sfera. Seguendo le parole di David Evans, nonno di Mark, essi decidono quindi di partire verso una nuova avventura: superando le barriere del tempo, si mettono alla ricerca delle aura degli uomini più valorosi di tutte le epoche, in modo da poter utilizzare con il Miximax. Per proteggere il calcio e salvare Evans bisogna creare la Squadra Invincibile!
